Shin’ichi Kudou ist 17 Jahre alt und wird jetzt schon als »moderner Sherlock Holmes« bezeichnet. Nach einem Date mit seiner Freundin Ran Mouri kommt er einem illegalen Deal auf die Spur, vernachlässigt dabei aber seine Deckung und wird niedergeschlagen. Ihm wird ein Gift verabreicht, das ihn töten soll. Das Gift tötet ihn jedoch nicht, sondern verwandelt ihn in ein Kind. Mit seinem Problem wendet er sich an Hiroshi Agasa, einen durchgeknallten Professor, der in dieser Situation der einzige Mann ist, der ihm Glauben schenken würde. Von nun an nennt sich Shin’ichi selbst Conan Edogawa und versucht, sein früheres Leben fortzusetzen. Schnell muss er jedoch feststellen, dass das Leben als sechsjähriger Meisterdetektiv nicht so einfach ist – vor allem, wenn man der wahrscheinlich größten Verbrecherbande der Welt auf der Spur ist: den Männern in Schwarz …